У 1992 році ентузіастами на базі відомої футбольної школи "Зміна" було створено футбольний клуб, котрий вже в перший рік існування отримав право грати в чемпіонаті України серед колективів фізкультури. Команда почала виступати під назвою "Зміна", згодом її назва змінювалась — "Оболонь-Зміна", "Оболонь-ППО", а з 2001 року колектив отримав нинішню назву "Оболонь".

В еліті клуб провів чотири сезони, а найкращим показником є шоста сходинка у Вищій лізі Чемпіонату України в сезоні-2003/2004.